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缺乏保障、环境基础设施建设滞后、农业污染源缺乏有效控制等矛盾凸显，农村环境保护总体形势严峻。《规划》明确，到2013年，全省基本完成农村饮水安全工程建设任务，解决全省农村1645.5万人的饮水安全问题。
此外，《规划》还提出要加快推进镇级生活污水处理设施建设。重点推进水源保护区、具有饮用功能重点水库区范围内镇级污水处理设施建设。
广东省最新农业污染源普查数据显示，全省农业污染源COD、氨氮等主要污染物排放量分别占全省排放总量约31.7%、24.9%，其中污染排放主要来源于规模化畜禽养殖污染。针对不容忽视的畜禽散养污染，《规划》提出，将以畜禽养殖污染防治为重点，推进农业污染减排 | 
