国务委员兼国务院秘书长马凯在关於国务院机构改革和职能转变方案中建议,保留国家发改委、环保部及国土资源部。这次机构改革,国务院正部级机构减少4个,其中组成部门减少两个,副部级机构增减相抵数量不变。改革後,除国务院办公厅外,国务院设置组成部门25个。
另外,国务院亦提议,切实落实企业和个人投资自主权,抓紧修订政府核准投资项目目录;整合工程建设项目招标投标、国有产权交易等平台,建立统一规范的公共资源交易平台等。